Fruto de su devoción al Niño Jesús que practicaba desde pequeño, se conocen al menos tres eventos extraordinarios que vinculan al santo con Jesús Niño.Primera aparición (noviembre de 1911). Desde finales de octubre de 1911 hasta el 7 de diciembre del mismo año, el Padre Pío residió en el convento de Venafro (Isernia). Aquí en un éxtasis cuya fecha no precisa el padre Agostino de San Marco in Lemis, se apareció al Padre Pío el Niño Jesús. La particularidad es que el Niño Jesús apareció con los estigmas de la crucifixión en manos, pies y costado.
A sus cronistas no extraña aquél signo, pues para san Pío de Pietrelcina contemplar el misterio de la Navidad era ver al Niño Jesús a la luz del misterio Pascual de la Pasión, Muerte y Resurrección de Jesucristo.
Segunda aparición (20 de septiembre de 1919). Esta aparición está documentada por el Padre Raffaele de Sant'Elia a Pianisi en el manuscrito, 'Apuntes breves sobre la vida del Padre Pío y mi larga permanencia con él'. También en esta aparición hay una referencia a los estigmas y, en ello, al misterio de la Salvación que la Navidad contiene…
"Después de ocho años de vida militar, debía continuar los estudios de teología y prepararme para la ordenación sacerdotal. Yo dormía en una celda estrecha, casi enfrente a la número 5, que era del Padre Pío. La noche entre el 19 y 20 (de septiembre de 1919) no podía dormir. Hacia media noche me levanto, asustado. El pasillo estaba sumergido en la oscuridad, rota solo por la luz tenue de un candil de petróleo. Mientras estaba a la puerta para salir, veo pasar al Padre Pío, todo luminoso, con el Niño Jesús en brazos. Avanzaba lentamente murmurando oraciones. Pasa delante de mí, todo radiante de luz, y no advierte mi presencia. Sólo algunos años después he sabido que el 20 de septiembre era el primer aniversario de sus llagas".
Tercera aparición (24 de diciembre de 1922). Lucía Ladanza, hija espiritual del Padre Pío, es quien narra lo ocurrido el 24 de diciembre de 1922 cuando quiso pasar la vigilia de Navidad junto al Padre.
Aquella noche hacía frío y los frailes habían llevado a la sacristía un brasero con fuego. Ella, y otras tres mujeres se quedaron junto al brasero esperando la media noche, para asistir a la Misa que debía celebrar el Padre Pío. Las otras tres mujeres comenzaron a adormecerse, mientras ella seguía rezando el rosario. En ese momento vio que por la escalera interior de la sacristía, bajaba el Padre Pío y se detuvo junto a la ventana. De improviso, dice, envuelto en un halo de luz apareció el Niño Jesús entre los brazos del Padre Pío… cuyo rostro se volvió todo radiante. Cuando desapareció la visión, el Padre advirtió que Lucía, estaba despierta y lo miraba fijamente, atónita. Se le acercó y le dijo: "Lucía, ¿qué has visto?" Ella respondió: "Padre, he visto todo". El Padre Pío, entonces, le advirtió con severidad: "No digas nada a nadie".
Fuentes: La Vida devota del Padre Pío, Gerardo di Flumeri y portales web